Современные программы зачастую весьма по-хамски ведут себя на компьютере, на который имеют счастье быть установлены. Пишут кучу ключей в реестр, лезут во все возможные конфиги, вываливают для каждого пользователя свои данные. И ладно бы это всё можно было бы удалить при деинсталляции, или более менее гибко управлять, но нет. Такой возможности нет. Вот и приходится с некоторой периодичностью переустанавливать операционку. При этом правильная программа или скрипт должны жить только в своей директории и лазить в другие части системы только в чрезвычайно редких случаях и используя механизмы позволяющие пользователю это безобразие контролировать.